《超时空要塞Δ》故事描述在《超时空要塞Frontier》之后的8年、AD.2067年，以银河系边境的星系为中心，为了缓和狂暴化的瓦尔综合症，诞生了由五位少女所组成的战术音乐组合女武神、和共同执行作战的Δ部队小队，他们以拥有特定波长的少女们的歌声，治疗受到狂暴症状影响的人们。而在银河边境的惑星阿尔沙哈尔上，一名为了当上女武神的成员，而从风之王国偷渡而来的少女芙蕾雅・薇恩，和在当地当临时操作员的少年疾风・因梅尔曼邂逅了……